结肠镜检查总体而言是比较安全的，但因存在个体的差异也存在一定的风险。
它的风险主要表现在以下三方面，第一，操作前肠道准备时可能会出现电解质紊乱、低血糖、心律失常等不良反应。第二，操作中，可能会出现出血、穿孔等风险，它主要存在于肠镜下息肉切除时发生。还可能因为麻醉出现心脑血管意外。第三，操作后，可能会出现肛门不适、腹胀、恶心、呕吐等不良反应，一般按摩腹部后症状可缓解。
