指甲边的疣属于寻常疣的一种，在治疗上和寻常疣的治疗方法相同，可以外用药物治疗配合物理治疗。
常用的外用药物包括咪喹莫特霜，干扰素凝胶，三氯醋酸等等，物理治疗包括电灼治疗，二氧化碳激光治疗，冷冻治疗等等。在治疗期间注意要忌口不要吃辛辣刺激性食物，不要饮酒多吃新鲜的蔬菜和水果。
另外，如果有长期不愈，反复发作的情况，也可以配合口服调节免疫力的药物如转移因子口服液等等。
