非淋菌性尿道炎的治疗主要可以采取口服消炎类药物治疗，常用的消炎药包括：红霉素、阿奇霉素、美满霉素和四环素类药物。另外，新一代的合成的抗菌药喹诺酮类，不仅对衣原体、支原体有效，对淋球菌也高度的敏感。针对非淋菌性尿道炎的病因机制，也可以配合使用中药治疗，可以用清热解毒、利湿通淋为主的药物来治疗。另外，在治疗期间，注意性伴侣要共同检查和治疗，以避免交叉感染。
