乌苯美司胶囊的副作用主要有偶有皮疹、瘙痒、疼痛、面部浮肿和一些消化道反应，如恶心、呕吐、腹泻、软便。
个别服用者可出现转氨酶升高，均属轻度，一般在口服过程中或停药后消失。据统计，出现不良反应及临床实验检查异常的发生率为4.2%，不良反应发生率仅为2.3%，主要为肝功能损害异常上升为约1.8%，皮肤异常皮疹、发红、瘙痒等约为1.3%，消化道异常如恶心呕吐，食欲不振等约为0.9%。
