丝状疣部分可以在没有治疗的情况下自然消退，不需要用药治疗。另外也有一些长期不好的丝状疣，可以通过药物治疗或者是物理治疗进行去除，常用的外用药物包括5-氟尿嘧啶软膏，3%的肽丁胺霜或者是3%的肽丁胺二甲亚砜溶液也可以用维A酸软膏，水杨酸溶液。
另外也可以用5%咪喹莫特霜，这些药物可能会引起局部刺激或过敏，应避免用于眼睑部位。物理治疗可以采用激光或者是冷冻电灼等治疗方法。
