霉菌性食道炎临床症状多不典型,早期可没有任何的不适症状,随着病情的进展部分患者会出现咽部吞咽困难,伴有咽部疼痛、上腹部不适、胸骨后疼痛以及烧灼感。
严重的患者胸骨后呈刀割样绞痛,可放射至背部,酷似心绞痛,念珠菌食道炎还会引起严重出血,但是不常见,一旦发现要考虑到真菌以及病毒混合感染,凝血机制异常或血管食管瘘未经治疗的患者可出现上皮脱落、穿孔甚至播散性念珠菌病。