黄连上清丸的功效主要是清热通便、散风止痛，用于治疗上焦湿热，可见头昏脑胀、牙龈肿痛、口舌生疮、咽喉红肿、耳痛、耳鸣、火眼、大便干燥、小便黄赤。
它是由具有清热泻火作用的黄连、黄柏、石膏、清热通便的栀子、大黄，疏散风热，解毒清热的连翘、菊花、荆芥穗、白芷、蔓荆子、川芎、防风、薄荷，还有能够降逆和中的旋复花，宣肺气，利咽喉的桔梗，这些药物组成的。此药性寒凉，脾胃虚寒者应该禁用。
