人体缺碘最主要的危害是智力发育的障碍，体格发育的障碍，以及甲状腺肿及并发症，甲状腺功能减退、克汀病等等。
胎儿期如果发生缺碘，也就是母体摄入的碘严重的不足，可以导致胎儿的流产、死产、先天的畸形。
也可以使后代智力落后、聋哑、痉挛性的瘫痪，以及运动语言发育障碍。
新生儿期缺碘会导致新生儿甲状腺肿和新生儿甲减，也叫克汀病。
青春期甲减以及青春期的智力发育障碍，成年人缺碘，主要是发生甲状腺肿和甲状腺功能减退症。
