女性衣原体感染早期诊断，早期治疗，规则用药是可以根治的。
常用的治疗方案包括口服多西环素或阿奇霉素或美满霉素或红霉素类药物。如果是妊娠期感染了衣原体，不宜服用四环素类药物，可以口服红霉素或阿奇霉素。在治疗期间，注意夫妻双方或性伴侣需要共同检查并治疗，避免交叉传染。治愈的标准是患者的自觉症状消失，无尿道分泌物，尿沉渣无白细胞，细胞涂片也未见衣原体。在判断治愈时，一般可不作病原微生物的培养。
