他克莫司胶囊副作用比较多，涉及的器官也比较广，常见的有心动过速、贫血、白细胞减少、血小板减少、意识障碍、视力模糊、呼吸困难、胸腔积液、鼻充血和炎症、胃肠道溃疡和穿孔、胃肠道出血、呕吐、消化不良、便秘胃胀、便溏，甚至也有出现肾损伤的报道。另外，也有高血糖、糖尿病、高钾血症、肝功能异常的报道、皮肤方面会出现瘙痒症、有皮疹，也有出现关节疼痛的报道，这些药物的不良反应一般都是可逆性的，降低剂量后可能减轻，有的会消失。
