吸入性糖皮质激素主要用于治疗哮喘类疾病。其有相应的副作用，一般这些副作用较少，和口服糖皮质激素相比其副作用较轻。常见的有轻度的喉部刺激、咳嗽、声音嘶哑、口咽部念珠菌感染、速发和迟发过敏反应包括皮疹、接触性皮炎、荨麻疹、支气管痉挛。还会出现一些精神症状、包括紧张不安、行为障碍。少数病人在吸入糖皮质激素后可能会产生皮肤淤血，极少数的病人会出现全身用药的症状。
