如果进行的是普通肠镜检查，是有一定的痛苦的。如果进行的是无痛肠镜检查，是没有痛苦的。
目前无痛肠镜选择的越来越多，主要是目前的麻醉技术也已成熟，应用麻醉药品使患者处于入睡的状态。检查过程中，患者没有痛苦，耐受性较好。当然，不论是无痛肠镜还是普通肠镜，都可以对肠道疾病进行确诊，不仅可以直观的观察肠黏膜的情况，还可以对病变处进行病理活检化验。
