拜糖平最严重的副作用，据报道在极个别情况下可出现黄疸或肝炎合并肝损害，在日本发现个别患者发生爆发性肝炎而死亡，但是否与阿卡波糖有关还不明确。
拜糖平极个别病例观察到有水肿的发生，还有轻度肠梗阻或出现红斑、皮疹、荨麻疹等皮肤过敏反应。常见的不良反应有胃肠胀气和肠鸣音，偶有腹泻和腹胀，极少见有腹痛。如果不规则的饮食控制，则胃肠道副作用可能加重。如果控制饮食后仍然有严重不适的症状，应该咨询医生暂停或长期减量。
