氟比洛芬酯的副作用一般为偶见注射部位疼痛及皮下出血，消化系统有时会出现恶心、呕吐、转氨酶的升高，偶见腹泻，罕见的是胃肠道出血。
精神和神经系统有时会出现发热、头痛、倦怠、嗜睡、畏寒。偶见血压上升、心慌、皮肤会出现皮疹瘙痒。血液系统会出现血小板减少，甚至其他制剂的剂型罕见再生障碍性贫血，呼吸系统可能会罕见的哮喘。严重不良反应，有休克、急性肾衰、肾病综合症等。
