引起小腿后面肌肉疼痛的第一个常见疾病是腰椎间盘突出症。腰椎间盘突出以后压迫神经根,会出现该神经根支配区域的疼痛和麻木,比如腰5-骶1椎间盘突出压迫骶1神经根,就会出现大腿和小腿的后外侧疼痛。第二个疾病是血栓闭塞性脉管炎。是腿部的动脉出现狭窄或者闭塞,小腿缺血缺氧就会出现疼痛。长跑以后也会出现小腿后部肌肉疼痛,是因为长跑时剧烈活动,小腿肌肉产生的乳酸和肌酸难以及时排出,就会出现小腿后面肌肉疼痛。