自然妊娠生化的主要原因是胚胎发育欠佳，大多是胚胎染色体的异常，其次考虑到女性内分泌的问题，也就是女性在怀孕前有可能是多囊卵巢、高泌乳素血症及甲状腺功能的异常。在怀孕后激素水平不能支持孕囊的发展，造成生化妊娠。
其次，也有可能是子宫器质性的病变，以及炎症所致，所以生化妊娠也是一种怀孕，但是因为孕囊发育问题，看不到孕囊的前提下，就出现了流产的先兆流产，但是生化妊娠以后也需要复查彩超，看宫腔内是否有残留的情况。
