磁共振检查，作为一种相对安全的检查方式，很少有不良反应。
一般有以下几种禁忌症，首先，如果人体内有植入金属固定物，心脏支架眼植入物等等，应了解植入物的材质和植入时间后，谨慎选择该检查，以免发生不良反应。其次，有心脏起搏器和胰岛素泵的患者，不能做该检查。因为强大的磁场会使器材失灵，导致一些不良的后果。还有一些幽闭恐惧症的患者做该检查时，可能会产生极度不适的症状，甚至会导致窒息，所以也并不建议做此项检查。
