直肠针属于侵入性操作，在操作过程中如果操作不当、动作粗鲁很有可能会造成穿孔、出血等肠管损伤，孩子小，肠道粘膜娇嫩，更容易导致相关风险。
直肠针直接被肠道吸收，吸收速度快，难以把握用药剂量，而且一旦出现药物过敏通常缺乏有效的救治方案，长期的进行直肠针给药容易刺激肠道，导致肠道菌群紊乱，引起顽固性腹泻等炎症感染。平时尽量避免采用直肠针给药，可以选择口服等其他安全性更高的治疗方式。
