一般来说，当前免疫组化技术围绕着提高敏感性与特异性不断改进发展，但它仍有其局限性，应用于蛋白水平、敏感性与特异性不足。故应与其他组织化学、电竞及分子生物学技术相结合。
做免疫组化的注意事项包括，防止假阳性与假阴性，防止操作中的污染。规范操作时，阳性与阴性对照选用两种以上同类抗体。目前，肿瘤均为相关抗原特异性不足，多种酮类抗原可提高阳性率。正确评价免疫组化的结果，其结果受抗体、特异性与质量、操作标本固定等多种因素影响。
