腘窝囊肿术后的并发症包括有伤口的感染、腘窝内血管神经的损伤、下肢的血管栓塞等。
腘窝囊肿选用不同的手术治疗方法，产生的并发症也会不一样，如进行传统的切开手术需要再腘窝部进行切开，找到囊肿并将囊壁切除，这种类型受伤创伤大，剥离范围广，非常容易损伤腘窝内的腘动脉或者腓总神经等。
对于抵抗力弱的还容易出现伤口的感染等，如果是采用关节镜下的手术方法，因创口很小，囊壁显露清楚出现感染、血管神经损伤的概率相对小很多，但容易出现关节的积液等。
