磁共振检查作为一种相对安全的检查方式，很少有不良反应，一般有以下几种禁忌症：
首先，如果人体内有植入金属物质内固定物，心脏支架等等，应了解植物的材质和植入时间后，谨慎选择该检查，以免发生不良反应。
其次，有心脏起搏器和胰岛素泵的患者不能做该检查，因为强大的磁场会使器材失灵，另外还有一些幽闭恐惧症的患者在做该检查时可能会产生极度的不适。甚至会导致窒息，所以也不建议做该检查。
另外，还有一些躁动意识不清的患者做该检查的效果也不是很好。
