胚胎自身发育不好的原因有子宫发育异常、畸形、宫颈粘连、染色体异常，导致胚胎发育不良。
生殖道感染也可能引起胚胎死亡或者流产，内分泌失调可能会引起黄体功能不足，系统性红斑狼疮、硬皮病也可能引起母体对胎儿的排斥。孕妇本身患有的疾病也可能导致胎儿发育不良，精液质量差、精子畸形多受孕后也可能引起流产，或者胚胎停止发育的情况。在怀孕期间接触了有害化学物质或者、劣质的装修材料等，都有可能引起胚胎发育不足的情况。
