非淋菌性尿道炎早期发现后经过正规足量的用药治疗是可以彻底的治愈的。
在治疗上常用广谱的抗生素，常用的有四环素类抗生素，如美满霉素，另外也可以用大环内酯类抗生素，比如红霉素，阿奇霉素或克拉霉素等。
新一代合成的抗生素喹诺酮类效果也很好可以对衣原体和支原体有较强的杀菌作用。
中药治疗可以清热解毒，利湿通淋为主，附以补肾固本活血化瘀，扶正祛邪的药物。治疗期间注意要保持局部的清洁和卫生，性伴侣要同时治疗。
