一般情况下，乳糖酶没有什么副作用。
但是如果服用的过多，有可能会导致大便干结。长时间也可能会导致肠道菌群的紊乱。乳糖酶是一种消化酶，是幼儿体内最重要的消化酶。它的主要功能是消化乳糖，将乳糖水解成为能够被人体吸收的半乳糖和葡萄糖。当人体缺乏乳糖酶时，会导致乳糖消化吸收的障碍。一部分人可能会出现腹痛、腹胀、腹泻等消化不良的症状，这就被称为乳糖的不耐受。
