新生儿先天性甲状腺功能低下症是指各种原因引起的新生儿出现甲状腺激素合成不足。
根据引起合成不足的原因,又可以分为原发性的和继发性的。而原发性的是由于甲状腺本身的疾病所导致的。例如甲状腺缺如,或者是合成机制出现了障碍。而继发性的主要的病变,则是因为上线的调节系统。例如垂体和下丘脑,所以这一类继发性的新生儿先天性甲状腺功能低下症又称之为中枢性的甲减。