尿道衣原体感染治疗上原则上应做到早期诊断，早期治疗，规则用药，治疗方案个体化。
常用的治疗方案包括口服多西环素、阿奇霉素、美满霉素或红霉素。如果是妊娠期的支原体感染不宜口服四环素类药物，可以服用红霉素或阿奇霉素。
新生儿可以口服红霉素干糖浆粉剂，外用红霉素眼膏或四环素眼膏。治愈的标准是患者自觉症状消失，无尿道分泌物，尿沉渣无白细胞，细胞涂片也未见衣原体。
