沙眼衣原体的治疗，应该不难治疗，但疗程较长。
可以选择敏感的抗生素进行针对症的抗感染治疗。一般常用选择的是四环素类或者是大环内酯类抗生素。不过治疗疗程是相对比较长的，一般局部用药大约需要10到12周的时间。一旦发现有沙眼的症状，应该早期治疗，在医生指导下，尽早抗炎治疗。在早期可以选用，比如利福平滴眼液或者是新霉素滴眼液，疗程一般是3到4周。还要保持局部卫生，加强营养支持，提高眼部的抵抗能力，提高全身的免疫力。
