一般而言，孕期磁共振检查主要是在孕晚期检查胎盘，胎儿的神经发育情况。尤其是胎儿的中枢系统神经发育情况。通过磁共振检查可以作出基本诊断，可以发现胎盘有没有早剥，有没有前置胎盘的情况，胎儿有没有存在中枢神经系统的先天性结构变异和异常发育。在孕期做磁共振检查，应避免做增强磁共振检查。因为增强磁共振检查的对比剂能够通过胎盘影响胚胎发育。所以，在做磁共振检查时不能进行增强磁共振的扫描，要确认孕妇是否存在禁忌症、幽闭恐惧症等相关情况。
