抗念珠菌的药物有多种，但是要区分是单纯性的念珠菌病还是复杂性的念珠菌病。
单纯性的念珠菌，那么可以局部用药，选用以下几种药物：克霉唑制剂、咪糠唑制剂、制霉菌素制剂等。
如果全身用药的话，可以采用氟康唑，复杂性的念珠菌病，就要在单纯性念珠菌病治疗的基础上延长多一个疗程的治疗时间。
复发性的念珠菌病就需要在强化治疗达到真菌学治愈后再继续巩固治疗半年。
妊娠期的念珠菌病就要以局部用药为主，以小剂量长疗程为佳，禁止用口服的唑类抗真菌药物。
