有以下三种主要的手术后遗症。
一疼痛。肩袖损伤术后最常见的后遗症是肩关节疼痛，主要是慢性的钝痛。尤其是活动肩关节后伸时比较明显。有的需要局部进行药物治疗，如氟比洛芬贴等。
二肩关节活动受限，这也是肩袖损伤术后最常见的一种并发症，肩袖损伤术后没有进行很好的康复功能锻炼肩关节的功能，出现了活动受限。和术后没有康复指导以及康复锻炼很有关系。
三感染。这属于肩袖损伤，术后比较少见的并发症，一旦发生需要再次住院，甚至手术治疗。
