原则是排除性诊断，也就是在排除胃肠道没有器质性病变之后，才考虑功能性胃肠病。
怎样排除器质性病变呢，我们可以通过化验一些指标，如幽门螺旋杆菌、肝肾功能。同时可以完善胃肠镜、CT，甚至是胶囊内镜、小肠镜等检查来，明确是否存在器质性病变。如果相关检查没有发现明显异常，结合病史和临床表现，可以诊断功能性胃肠病。
