奥硝唑氯化钠注射的副作用包括消化系统会出现轻度的胃部不适、胃痛、口腔异味等，神经系统会出现头痛、困倦、眩晕等。过敏反应包括皮疹、瘙痒等，还有白细胞减少。
奥硝唑氯化钠注射液主要适用于肠道感染、腹部感染、盆腔感染、口腔感染、外科感染、脑部感染以及败血症，还可用于手术前预防感染和手术后厌氧菌感染的治疗，还可用于治疗消化系统严重的阿米巴虫病，如阿米巴痢疾、阿米巴肝脓肿等。
