核磁共振可以查出身体许多系统、许多部位的病变，尤其是软组织的病变。
核磁共振最早应用于中枢神经系统，如发现脑梗塞、脑肿瘤或者脑发育畸形，这些病变上面有非常重要的作用。到了现在，核磁共振可以在肝脏、骨关节以及软组织相关病变中都具有重要的临床意义，特别像一些肝硬化、早期小结节定性判断上，核磁共振由于其成像特点和增强序列这种优势，导致了我们可以对肝硬化这种微小的结节定性非常有把握，在临床工作中，这是非常具有临床意义的。
